秦汉以前，我国医学教育的形式主要是师徒传授。到南北朝时期的刘宋王朝，出现了社会组织形式的医学教育。南朝宋元嘉二十年(公元443年)，太医令秦承祖奏置医学，以广教授，同时设置了太医博士、太医助教等医官。而“太医署”的名称则出现在隋朝。
    隋“太医署”隶属“太常寺”领导。“太常”，古代称之为“秩宗”，汉高祖将它改名为“太常”，梁代又加“寺”字。“太常寺”主要掌管国家的礼乐、郊庙、社稷之事。“太医署”是“太常寺”下所属的八署之一。隋太医署有主药2人，医师200人，药园师2人，医博士2人，助教2人，按摩博士2人，咒禁博士2人。著名的病原病理学家巢元方是隋大业年间(公元605～616年)的太医博士。他曾带领20学家集体编著了《诸病源候论》一书。隋代的医学教育虽具一定的规模，但作为正规的医学校来说，尚欠完善。
    唐高祖武德七年(公元624年)，唐“太医署”在京都长安（今西安）建立。它是一所由国家举办的正式医科学校，亦是我国最早的医学学校。太医署由行政、教学、医疗、药工四部分人员组成，既是一所皇家医学院，又是一座宫廷医院。太医署共有行政长官16名，太医令(2人，从七品下)是最高的行政长官，掌握着医疗大法，太医丞(2人，从八品下)是其助手，以下有医监(4人，从八品下)和医正(8人，从九品下)。
    太医署分成医学和药学两部分。医学部设有四大科：医科、针科、按摩科、咒禁科。四科之中，医科是一门大课，共有生164人(医博士和医助教各1人，医师20人，医工100人，典药2人，学生40人)。医科学生入学后，由博士、助教教授学生各门基本课。教材有《素问》《脉经》《甲乙经》等经典著作。然后再分专业学习，即“一曰体疗，二曰疮肿，三曰少小，四日耳目口齿，五曰角法o”(体疗属内科，疮肿为外科，少小应是儿科，耳目口齿即五官科，角法是一种外治法)其中内科学七年，外科、儿科学五年，其他学二年。
    针科有师生52人(博士1人，从八品上；助教1人，针师10人，均为从九品下。针工与针生各20人)。针科学生首先学习中医基本理论，然后再学习九针的各种手法。
    按摩在隋唐时代已有迅速发展。据《唐六典》记载，按摩能治疗8种疾病，同时可强身健体，并能接骨。
    咒禁科共21人(博士1人，从九品下；咒禁师2人，咒禁工8人，咒禁生10人)。咒禁是一种宗教迷信活动，它包括道禁和佛教中的五禁。病者先要禁食荤腥，斋戒于坛场，然后方可接受咒禁术。
    唐太医署不仅有明确的分科，还有严格的考核制度。学生入学后每月、季、年都有考试。对于考核成绩的优劣，赏罚分明。即优者上，劣者汰。考核并不限于学生：“凡医师、医正、医工，疗人疾病，以其痊多少而书之以为考课。”这反映了唐代的医学校对教学辅导人员，也要求具备一定的医术。  
    在药学部门中有“府二人，史四人，主药八人，药童二十四人，药园师二人，药园生八人。”在长安城中，有“良田三顷”的药园一所，专供御用。药园师除负责种植、移栽、采集各种药物外，还承担着指导药园生的职责。药园生在老师的指导下种植栽培各种药物，学习采集和鉴别知识，业成后可补升药园师。药园中还有“掌固”(仓库保管员)4人，负责将采集的药物分门别类，妥善保管。
    太医署药园的设置，使唐代的医学校显得更加完善。因为它不仅从实践中培养了药学人才，还重视了药物的栽培技术，使唐代的药物学比以前有了较大的发展。同时，它也为最早的药典——唐《新修本草》的问世，准备了物质上的条件。
唐代医学制度对周边国家亦有影响。朝鲜医学制度曾仿唐制，设医学、置博士，以中国医书《素问》《难经》《甲乙经》《本草经》等教授学生。公元701年，日本文武天皇制定“大宝律令”，其中的医学制度、医学教育、医官等的设置，完全采纳唐制。同时还规定学生必修《素问》《黄帝针经》《明唐脉诀》《甲乙经》等医书。